أنشئ المركز الصحي الجامعي في عام 1428هجري، يتكون من فرعين أحدهما في عرعر والآخر في رفحاء يتمتع المركز الصحي الجامعي بدعم واهتمام إدارة الجامعة من أجل توفير أعلى مستوى من الرعاية الطبية لمنسوبي ومنسوبات الجامعة. يقدم المركز الصحي الجامعي خدماته العلاجية والوقائية من خلال العيادات الطبية العامة والمتخصصة والخدمات الطبية المساعدة مثل المختبر والصيدلية والأشعة التي يقوم بالإشراف عليها أفراد مؤهلين وذوي خبرة. كما يسعى المركز الصحي الجامعي أيضا إلى تحقيق الخدمات الصحية من أجل تحسين مستوى الأداء واكتساب رضا المستفيدين من المركز والسعي إلى التحديث والتطوير بما يتماشى مع التقدم العلمي والطبي الذي يشهده وطننا العزيز.

مبنى المركز الصحي بمدينة عرعر: المساحة الكلية للمبنى 1200 متر مربع، يتكون المبنى من طابقين، يتكون الطابق الأول من غرفة استقبال وضماد للنساء وعدد 6 عيادات تخصصية (عيادة أسنان، عيادة أطفال، عيادة جلدية، عيادة عيون، عيادة نساء وتوليد، عيادة الباطنية) وصيدلية ومختبر طبي.  الطابق الثاني يتكون غرفة استقبال وضماد للرجال وعدد 3 عيادات عامه.

مبنى المركز الصحي بمحافظة رفحاء: يقوم المركز بخدمة طلاب وطالبات الجامعة ومنسوبي الجامعة في الكليات المتواجدة في محافظة رفحاء، يتكون هذا الفرع من خمسة عيادات وهي: عيادة باطنية، عيادة أسنان، عيادة نساء وولادة، عيادة عامة.

كما يقوم المركز الصحي الجامعي بتقديم التقارير الطبية والإجازات الطبية للمستحقين من منسوبي الجامعة وطلاب الجامعة. وكما يقوم المركز الصحي بتقديم خدمة عيادات الطوارئ والطب العام وذلك في عدد من كليات الطالبات مثل عيادة طبيه في مجمع كليات البنات، عيادة طبيه في مجمع كليات البنات العلوم وإدارة الأعمال، عيادة طبيه في كلية الاقتصاد، وعيادة طبيه في كلية المجتمع. ويقيم عيادة متنقلة بشطر الطلاب بالتعاون مع اللجنة الوطنية لمكافحة التدخين لمساعدة الراغبين في الإقلاع عن التدخين). كما يقوم المركز الصحي بالمشاركة في الأنشطة الرياضية والفعاليات المقدمة من عمادة شؤون الطلاب في الجامعة (بطولات كرة القدم- كرة الطائرة- السباحة- ألعاب القوى وغيرها). بالإضافة أن المركز الصحي يمتلك سيارة إسعاف طبي وسيارة قافلة طبية لتقديم الخدمات الطبية في الأماكن النائية من الهجر والقرى المجاورة.​

الارتباط التنظيمي: ترتبط بوكالة الجامعة.